Nell'ambito del proprio negozio on line, ogni merchant può optare per una o più modalità di pagamento.

I pagamenti possono essere effettuati con:

• modalità on line
  la transazione avviene in modo automatico, l'autorizzazione della carta di credito avviene infatti on line senza alcun intervento da parte del merchant. Rientrano in questo ambito i sistemi di pagamento come SSL On-line.
  
  
• modalità off line
  in questo caso la transazione avviene in modo differito, il merchant riceve i dati relativi al pagamento (via web con SSL o via fax) e poi deve procedere all'attivazione della transazione chiamando personalmente la propria banca.